Manet aimait aussi les natures mortes : « Un peintre peut tout dire avec des fruits ou des fleurs, ou des nuages seulement », affirmait-il. Une part non négligeable de son œuvre est consacrée à ce genre179, avant 1870 surtout puis dans les dernières années de sa vie où la maladie l'immobilise dans son atelier. Certains éléments de ses tableaux constituent de véritables natures mortes comme le panier de fruits dans le Déjeuner sur l'herbe, le bouquet de fleurs dans Olympia ou le pot de fleurs, la table dressée et différents objets dans le Petit déjeuner dans l'atelier. Il en va de même dans les portraits avec le plateau portant verre et carafe dans le Portrait de Théodore Duret ou la table et les livres dans le portrait d’Émile Zola. Mais les natures mortes autonomes ne manquent pas dans l’œuvre de Manet : l'artiste a ainsi plusieurs fois peint poissons, huîtres ou autres mets (Nature morte au cabas et à l’ail, 1861-1862, Louvre Abou Dabi, Anguille et Rouget, 1864 - musée d'Orsay ou La Brioche, 1870 - Metropolitan Museum of Art, New York), rendant ainsi une sorte d'hommage à Chardin. Il a peint plus souvent encore des sujets floraux qui évoquent la peinture hollandaise (roses, pivoines, lilas, violettes) ou encore des fruits et des légumes (poires, melons, pêches, citrons, asperges) ; une anecdote existe à propos d'Une botte d'asperges : Charles Ephrussi ayant acheté le tableau plus cher que le prix proposé, Manet lui fit parvenir un petit tableau (aujourd'hui au musée d'Orsay)180 représentant une seule asperge avec ce mot « Il en manquait une à votre botte »181. Au-delà du genre traditionnel, les natures mortes d’Édouard Manet retiennent l'attention en constituant parfois de véritables mises en scène dramatiques, comme le montre le tableau du Vase de pivoines sur piédouche (1864) : par la composition des fleurs en train de se faner, des pétales tombées à terre et par le cadrage très serré sur le vase, le regard du spectateur est happé et attiré vers un mouvement de haut vers le bas182.